Я так понимаю, что здание в котором проводятся ремонтные работы эксплуатируемое, смело применяйте коэф. 1,2 к трудозатратам а также к времени работы машин и механизмов, а если еще в здании находится мебель, шкафы, полки, столы - то можете применить 1,3 (согласно ДБН Д.1.1-4-2000 додаток 2), этим повышающим и учтены затраты и сложности подобного рода.
Можете попробовать включить в смету отдельно пленку и строительную ленту (без работы естественно), картон для защиты пола и т.д. (обосновывая заказчику это тем, что материалы эти действительно закупается, а иногда они закупаются в довольно немалых количествах). У меня такой вариант проходил, но не с бюджетниками, бюджетникам иногда трудно вообще что-то доказать!