Да, вы это должны написать в договоре. Естественно никто не тратит аванс только на материалы. Получаете деньги, начинаете строить, через определенное время подаете первый акт на выполненные работы, в КБ-3 минусуете часть полученного аванса - в размере стоимости использованных основных материалов. Одновременно подаете письмо, что сумма аванса будет вами учтена полностью по истечении оговоренного договорного срока. Заказчик выплачивает разницу - итог по КБ-3. Затем подаете следующие акты. Каждый раз к ним - такое же письмо. Через три месяца нарастет общая сумма, которая перекроет аванс. Главное - правильно организовать строительство)